Od 1914. godine Muzej je smješten na tavanu škole na adresi Piazza Oberdan i u jednoj sobici Gradske biblioteke. Kako nije imao ni minimalne uvjete za kvalitetan rad muzej se 1927. godine seli u prizemlje Vile Margherita, bivšu rezidenciju nadvojvode Josipa. Preseljenjem dolazi do reorganizacije i prirodoslovni je materijal ustupljen Liceu Scientificu. Jedno je vrijeme, zalaganjem prof. Giorgia Nicodemija, direktora Galerije moderne umjetnosti iz Milana, i njegova sugrađanina Guida Assuera Bottussija, kritičara povijesti umjetnosti i restauratora, prevladavala incijativa da se umjesto postojećeg Muzeja zavičajnog profila osnuje Galerija moderne umjetnosti. Iako projekt nije uspio, prikupljen je znatan broj vrlo kvalitetnih djela. U prostorima Vile Margherita Muzej dočekuje i kraj rata, a 1947. mijenja naziv u GRADSKI HISTORIJSKI MUZEJ – MUSEO STORICO CITTADINO.
Do velike promjene dolazi 1948. kad se Muzej smješta u istočni dio nekadašnje Guvernerove palače te se 1949. upravno objedinjuje s Muzejom Hrvatskog primorja (osnovanim 1933. godine kao GRADSKI MUZEJ SUŠAK) pod zajedničkim nazivom u MUZEJ HRVATSKOG PRIMORJA. Muzejska je građa sada smještena u dvama različitim prostorima – u rezidenciji grofa Nugenta na Trsatu i u Domu kulture “Vladimir Švalba Vid”.
Nove se promjene događaju 1953. kad, na prijedlog uprave Muzeja Hrvatskoga Primorja, Savjet za prosvjetu i kulturu NO grada Rijeke donosi odluku da se naziv MUZEJ HRVATSKOGA PRIMORJA mijenja u NARODNI MUZEJ. Muzejski su predmeti i dalje smješteni u dvjema zgradama, ali sad većim dijelom u Domu kulture «V. Švalba Vid», gdje je i uprava Muzeja, a manjim na Trsatu. Stručni se rad odvija kroz četiri odjela: Odjel pomorstva, Odjel kulturne povijesti, Odjel etnografije i Odjel NOB-a, a u fundusu su Muzeja i dvije vrijedne zbirke: Memorijalna zbirka dr. Franje Kresnika, sušačkog liječnika i graditelja violina, te Kazališna zbirka.
Kad je u ožujku 1955. ukinut Dom kulture “V. Švalba Vid”, a sva je njegova pokretna i nepokretna imovina prešla u vlasništvo Narodnoga muzeja, ukazala se i prigoda smještaja muzejske građe na jednom mjestu. Prigoda je iskorištena, te je tijekom 1956. sva građa, osim zbirke NOB-a, prenesena s Trsata u nekadašnju Guvernerovu palaču. U veljači 1957. Konzervatorski zavod Rijeka, na temelju Zakona o zaštiti spomenika kulture i prirodnih rijetkosti, donosi rješenje kojim se zbirke Narodnoga muzeja proglašavaju spomenicima kulture i stavljaju pod zaštitu države. Narodni se muzej sastoji od tri odjela: Odjela Narodne revolucije, Pomorskog odjela i Kulturnohistorijskog odjela s Arheološkom, Historijskom i Etnografskom zbirkom. Prostor Palače s Narodnim muzejom dijele Koncertni ured, Kazalište lutaka, dio Historijskog arhiva Rijeka, dva ateljea likovnih umjetnika, Matica iseljenika, KUD Jedinstvo, politička škola, teleprinter Novoga lista, fotolaboratorij Crvenoga križa i Društvo amatera likovnih umjetnika, što otežava rad i razvitak muzejske djelatnosti.
Osamostaljivanjem pomorskoga odjela Narodnoga muzeja 21. je listopada 1960. godine, Općinsko vijeće i Vijeće proizvođača NOO-e Stari Grad – Rijeka donijelo rješenje o osnivanju POMORSKOG MUZEJA. Nelogičnost smještaja muzejskih predmeta u dvjema institucijama čiji se rad u mnogočemu podudarao, heterogenost građe i činjenica da se oba muzeja nalaze u istoj zgradi dali su naslutiti skoru promjenu.
Rješenjem o izmjeni Rješenja o osnivanju Pomorskog muzeja Rijeka naziv se ustanove 21. lipnja 1961. godine mijenja u POMORSKI I POVIJESNI MUZEJ HRVATSKOG PRIMORJA – RIJEKA koji pod dugim naslovom objedinjuje Pomorski i Narodni muzej, a svoju djelatnost razvija u bivšoj Guvernerovoj palači.