Interes za prikupljanje građe pomorske tematike na području grada Rijeke postoji i prije formiranja prvih muzejskih ustanova. Posebno se može istaknuti činjenica da su mnogi riječki mornari i zapovjednici brodova – ploveći krajem 19. i početkom 20. stoljeća u službi riječkih brodarskih društava Ungaro-Croata i Adria te brodarskih društava iz Senja i Bakra – u Rijeku donosili egzotične predmete prikupljene na putovanjima po Dalekom istoku, Južnoj i Sjevernoj Americi itd. Do uspostave muzejskih institucija u Gradu mnogi su predmeti završavali u kućama pomoraca, a izrazitiji se interes za darivanje građe muzejima javlja tek utemeljenjem Musea Civica krajem devetnaestoga stoljeća, a potom i Gradskog muzeja Sušak tridesetih godina dvadesetoga stoljeća. O želji da se očuva baština Hrvatskog primorja i vrijednosti Jadranskoga mora svjedoči i činjenica da je u sastavu Gradskog muzeja Sušak postojala i tzv. Kapetanska soba, a i sam je Muzej, kao jedan od svojih zadataka, isticao čuvanje pomorske baštine i proučavanje prošlosti Jadranskog mora. Fundus se Odjela obogaćivao građom poglavito u drugoj polovici četrdesetih i tijekom pedesetih godina prošlog stoljeća. U donacije su se uključile mnoge poznate riječke ustanove, kao što su Pomorski tehnikum Rijeka, Lučka kapetanija Rijeka, Brodospas Rijeka i Ministarstvo pomorstva, te mnoge obitelji. Od 1952. godine vodstvo je Pomorskog odjela preuzela prof. Radmila Matejčić.
Znatniji napredak Odjel bilježi nakon formiranja Narodnog muzeja Rijeka 1953. godine. U oživotvorenje su se samostalnog Pomorskog muzeja u Rijeci uključili, preko Udruge muzealaca pomorskih muzeja, i drugi jadranski pomorski muzeji, a nakon prof. Matejčić kao voditelji su Odjela radili kapetan Ivan Moderčin do 1. veljače 1957., a nakon njega kapetan Anton Polić. Kao vanjski je suradnik djelovao i dr. Radojica F. Barbalić, u to vrijeme predsjednik Sekcije pomorskih muzealaca, koji uspostavlja prvu znanstvenu osnovu stalnog postava povijesti pomorstva Rijeke. U realizaciji su postava sudjelovali prof. Radmila Matejčić, kapetan Ivan Moderčin i, kao tehnički suradnik, nekadašnji ravnatelj Muzeja prof. Miroslav Blažičević. Rezultat je svih tih djelatnosti otvaranje izložbe 1962. godine, izložbe koja će postati jezgra budućeg stalnog postava otvorena 1964. godine na drugom katu tada već uspostavljena Pomorskog i povijesnog muzeja Hrvatskog primorja Rijeka.
Stalni je postav zaokruživao razvitak riječke regije od prapovijesti do sredine 20. stoljeća. Za voditelja je Odjela za povijest pomorstva postavljen dr. Radojica F. Barbalić, koji je na toj dužnosti bio od 1. ožujka 1965. do 1. prosinca 1966. godine. U postav je bila inkorporirana i zbirka kamenih spomenika i odljeva reljefa brodova, da bi početkom osamdesetih godina postav bio upotpunjen hidroarheološkom građom s akvatorija Kvarnera i prikazom plovnih putova na Jadranu u antici.
Kada je 1966. godine u Muzej došao prof. Ante Meštrović, započelo je novo razdoblje u razvitku Odjela, osobito u vrednovanju tradicijske pomorske baštine hrvatske obale Jadrana.
Od 11. veljače 1986. godine mjesto je kustosa u Odjelu za povijest pomorstva preuzeo prof. Goroslav Oštrić.
Početkom devedesetih godina promijenile su se političke prilike, a nakon osamostaljenja Republike Hrvatske djelatnost se Odjela za povijest pomorstva sve više usmjeruje na istraživanje hrvatskih tradicijskih vrijednosti te očuvanje pomorske baštine Rijeke i Hrvatskog primorja.
Djelatnost je Odjela za povijest pomorstva krajem devedesetih godina prošloga stoljeća okrunjena organiziranjem više izložbi koje su pomorsku djelatnost prikazale s raznih aspekata. Konačno, valja spomenuti sudjelovanje i trud svih djelatnika Muzeja koji su, svatko na svoj način, pridonijeli razvitku Odjela od početaka do danas.